L'histoire de Samourai Champloo se déroule au Japon pendant l'ère d'Edo. L'ère d'Edo est une des 14 périodes traditionnelles de l'histoire du Japon. Cette période débute vers 1600, avec la prise de pouvoir de Tokugawa Leyasu et se termine en 1868 avec la restauration Meiji. Elle est dominée par le shogunat (chef) des Tokugawa dont Edo est la capitale.
Cette période se caractérise notamment par une fermeture du pays sur lui-même. En effet, le Japon n'a conservé que certains liens diplomatiques avec la Corée. De plus, seules la Chine et la Hollande ont eu le privilège d'entretenir des relations commerciales. Les autres européens, qui n'étaient pas admis sur le sol du Japon, risquaient la peine de mort. Les échanges maritimes se faisaient par le port de Dejima, une petite île au large de Nagasaki. Par cette ouverture, les élites japonaises s'imprègneront des connaissances scientifiques occidentales (les « études hollandaises »), seuls écrits à ne pas être censurés par le pouvoir shogunal.
Edo était donc l'ancien nom de Tokyo. Et durant cette période, le Japon a donc connu de grands changements dont certains sont liés à l'histoire de Samourai Champloo. C'est pourquoi ce Manga a aussi quelque chose de culturel. En effet, on voit par exemple un hollandais dans l'épisode 6 recherché par l'autorité Japonaise. Celui-ci a fui son pays parce qu'il était gay et pensait trouver une autre mentalité au Japon. Cela montre bien le "lien" à cette époque avec la Hollande.
On découvre également certaines coutumes de l'époque au Japon: l'omniprésence des bordels, la nourriture... De plus, Samourai Champloo fait mention de la fin des Samourai qui étaient partout et meme à de très hautes fonctions parfois.